南京作为历史悠久的城市，拥有丰富的历史遗址。以下是主要的历史遗址名称及分类整理：
一、史前文化遗址
汤山葫芦洞古人类化石遗址 中国长江下游东南地区唯一发现古人类化石的地点，将南京人类活动历史推溯至50万年前。
薛城遗址
距今约6300-5000年的史前村落，是南京地区已知面积最大、年代最早的史前文化遗址，被誉为“南京文明之光”。
二、古代都城与建筑遗址
六朝都城遗址
包括明城墙、南京紫金山宫城等，展现了魏晋南北朝时期宫城制度与建筑艺术，明城墙是中国现存最长砖城。
明孝陵
明朝开国皇帝朱元璋陵墓，以宏大规模和严谨布局著称，被誉为“明清皇家第一陵”，保存最完整的古代帝王陵墓。
中山陵
孙中山陵，融合中西建筑风格，是近代中国民主革命象征，包含博爱广场、翠微曲径等特色景点。
三、宗教与文化遗址
千佛岩石窟
六朝时期佛教艺术瑰宝，与云岗石窟齐名，被称为“小云岗”，现存大量佛像雕刻。
栖霞寺
南京老牌佛教寺庙，历史可追溯至东晋，寺内有明代建筑群和自然景观。
四、军事与防御遗址
东水关遗址
秦淮河入城门户，明代东水关兼具军事防御与水利功能，包含33券洞结构。
石头城遗址
三国时期吴国古城，位于清凉山西麓，以“石城虎踞”闻名，是兵家必争之地。
五、其他重要遗址
南唐伏龟楼遗址： 五代十国时期南唐都城遗存，包含明城墙内南唐金陵城遗址，展示独特砖筑建筑。 新亭寺遗址
以上遗址覆盖南京不同时期的历史，既有史前遗存，也有帝王陵墓和宗教建筑，共同构成南京丰富的历史文化遗产。