一、核心组织
黑衣组织
别称“乌鸦军团”，成员以黑色服装和酒名代号著称，首领为神秘人物琴酒（伏特加）。该组织从事跨国犯罪活动，包括开发迷药和人工智能程序。
美国联邦调查局（FBI）
世界顶级情报机构，成员如赤井秀一、朱蒂等。在柯南故事中，FBI常以卧底形式出现，但出场频率较低。
美国中央情报局（CIA）
主要负责海外情报收集，成员多为高学历专家。水无怜奈是CIA派入黑衣组织的卧底。
日本公安
负责国家安全与情报工作，安室透是其核心成员。该组织权限高但内部竞争激烈。
二、其他相关组织
少年侦探团（帝丹小学B班）
由工藤新一（柯南）、灰原哀等组成，虽以小孩形象出现，但实力强大，解决案件能力突出。
侦探学园Q（DDS）
由五个少年侦探组成，擅长逻辑推理和团队协作，但故事中未明确提及具体名称。
三、其他特殊组织
目暮警官所在的警视厅
日本警察机构，依赖柯南破案，成员包括目暮、高木、佐藤等警官。
总结
《名侦探柯南》中侦探组织类型丰富，涵盖跨国犯罪组织（黑衣组织）、国家情报机构（FBI、CIA）、警察部门（警视厅）以及特殊训练团体（少年侦探团）。不同组织在剧情中扮演互补角色，推动案件发展。