南通作为江苏省足球和篮球运动较为活跃的城市，拥有多支具有代表性的球队，涵盖职业联赛和民间赛事。以下是主要球队的整理：
一、职业联赛球队
南通支云足球俱乐部 主要参与中超、中甲等联赛，是江苏省足球水平最高的俱乐部之一。2024年曾获江苏省足球运动协会冠军。
球队历史荣誉包括：第一届、第二届支云球迷邀请赛冠军，以及多次获得亚军和季军。
南通沐扬足球俱乐部
在2024年江苏省足球运动协会冠军联赛中夺冠，与支云、奥智分获冠、亚、季军。
二、民间足球队伍
江海蓝韵队
由企事业单位员工、学生等组成，曾获第一届支云球迷邀请赛冠军，是南通足球业余联赛的常青队。
蓝刃世博口腔队
与南通支云足球俱乐部合作成立，足球生涯与支云队同步，曾随队从中乙联赛晋升至中超。
通州闪电玛阔家居队
球迷群体历史悠久，多次获得支云球迷邀请赛冠军和亚军，是南通足球文化的重要代表。
海安通海蓝魂队
门球队伍，成立于1987年，是南通市老干部活动中心门球队，曾获省级赛事奖项。
三、其他相关球队
CAAU南通站冬季赛球队： 包括U8、U10、U12等青少年组别，2025年1月赛事已闭幕，涉及球员MVP评选。 南通市足球队
四、特殊说明
CBA联赛和中超球队：南通目前仅有上海海港足球俱乐部同时拥有这两项赛事的参赛资格，其他球队如支云、大连人等因联赛级别不同无法参赛。
足球人才培养：南通通过青训基地（如根宝足球基地）培养球员，例如陈彬彬等年轻球员近年加入职业联赛。
以上球队覆盖了职业联赛、民间赛事及青少年培养体系，反映了南通足球运动的多元发展现状。