昌吉市及周边地区分布着多种鸟类，既有珍稀濒危物种，也有常见鸟类。以下是主要鸟类种类的整理：
一、珍稀濒危鸟类
东方白鹳 分布于我国东北、华北地区，冬季迁徙至长江中下游湖泊越冬，新疆沙漠地带为罕见冬候鸟。
黑鹳
与东方白鹳同为冬候鸟，常见于新疆沙漠和湿地环境。
侏鸬鹚
世界濒危物种，体型最小（体长45-55cm），以鱼类和甲壳类动物为食，2024年在昌吉玛纳斯湿地被发现越冬。
红嘴鸥
常见于新疆湿地，2022年6月被摄影爱好者在阜康市水磨沟乡柳城子水库拍摄到。
二、常见鸟类
白家海子鸟类群
包含白鹭、白鹳、黑鹳、绿头野鸭等，2023年夏季进入繁殖期，形成生态保护亮点。
沙枣鸟、野山鸡
适应沙漠环境，常见于白家海子等生态修复区域。
红嘴鹬、黑翅长脚鹬
水鸟类，常在阜康市水磨沟乡水库等水域活动。
三、其他特色鸟类
鸸鹋： 世界第二大鸟，2019年由村民苏广军饲养180多只，带动当地增收。 猎隼、游隼
四、生态保护意义
昌吉通过生态补水、湿地保护等措施，为鸟类提供了更适宜的栖息环境。例如白家海子从20世纪80年代的荒漠化土地发展为50平方公里的生态海子，吸引了多种珍稀鸟类繁衍。