南京作为历史悠久的城市，拥有众多清幽静谧的寺庙，以下是其中具有代表性的寺庙推荐及简介：
一、历史悠久的皇家寺庙
净觉寺 位置：
南京三山街升州路，毗邻夫子庙与七家湾穆斯林聚居区
特色：中国现存最古老、规模最大的清真寺，由明太祖朱元璋赐名，拥有2000平方米建筑群，占地4000平方米，被列为江苏省文物保护单位。
二、古朴宁静的佛教寺庙
鸡鸣寺 位置：
南京市玄武区鸡笼山东麓，依山而建
特色：南朝古刹，被誉为“南朝第一寺”，始建于西晋永康元年（300年），距今近1700年，樱花季尤为著名。
三、山水相依的观音寺
东庐观音寺 位置：
南京市溧水区东庐山风景区，地处百里秦淮河源头
特色：背靠东庐山，面临中山湖，建筑宏大，1999年复建于原址，因秦淮河源头得名。
四、其他清幽寺庙推荐
寒山寺（苏州）：虽不在南京，但作为江南代表性古刹，可参考。始建于南朝，因《寒山拾得》闻名，钟声悠扬。
栖霞寺：南京另一古刹，位于紫金山，以红墙黄瓦和佛教文化景观著称。
总结
南京的清幽寺庙融合了皇家威严与自然禅意，既有明太祖赐名的净觉寺，也有南朝古刹鸡鸣寺，以及山水相依的东庐观音寺。建议根据兴趣选择行程，感受不同历史时期的宗教文化氛围。