一、犯罪与反派组织
黑衣组织（《名侦探柯南》）：跨国犯罪集团，涉及暗杀、绑架等，以APTX 4869等药物闻名。
晓组织（《火影忍者》）：由叛逃忍者组成，目标是通过收集尾兽实现“无限月读”，手段极端。
夜袭组织（《斩!赤红之瞳》）：革命军秘密部队，成员均为帝具使，擅长夜间行动。
七大罪骑士团（《七大罪》）：梅利奥达斯创立的骑士团，以七大罪之名追杀罪犯。
二、特殊能力者团体
七武海（《海贼王》）：世界政府认可的七位大海贼，拥有毁天灭地的力量。
青铜树（《东京食尸鬼》）：喰种组织，由雾岛绚都领导，成员擅长使用“失落魔法”。
吸血鬼骑士团（《黑主学园》）：私立名门学校，分日间部和夜间部，以暗杀腐败官僚为任务。
三、政治与宗教组织
皇家教团骑士团（《千禧年》）：千禧年组织成员，与梵蒂冈教会合作维护世界和平。
真选组（《银魂》）：江户警察组织，负责维护治安，深受市民信赖。
四、军事与战斗团体
死神护庭十三番队（《BLEACH》）：尸魂界顶尖杀手组织，以卍解闻名。
狩人（《进击的巨人》）：帝国特殊警察部队，对抗夜袭的巨人。
暗影庭院（《想要成为影之实力者》）：由希德创立的暗杀组织，与黑暗教团对立。
五、其他知名组织
彭格列家族（《家庭教师》）：意大利黑手党核心组织，拥有10代首领传承。
NIGHT RAID（《斩·赤红之瞳》）：革命军下属杀手团，代号“夜袭”。
七大罪骑士团（《七大罪》）：梅利奥达斯创立的骑士团，以七大罪之名追杀罪犯。
这些组织在动漫中通常具有复杂背景和鲜明特色，部分作品（如《火影忍者》《海贼王》）的名称甚至成为文化符号。