皇宫衙门作为中国古代宫廷体系的重要组成部分，其名称和职能随着历史时期的演变而调整。综合历史资料，主要可分为以下几类：
一、外朝机构
三大殿 包括太和殿、中和殿、保和殿，是皇帝举行朝会、大典的场所。
后三宫
指乾清宫、交泰殿、坤宁宫，是皇帝及后妃的居所。
廷仪机构
太和门： 外朝门户，由太监把守 朝房
领侍卫内大臣衙门：统领宫廷侍卫
军机处：清代中枢权力机关，处理军政大事
太医院：皇家医疗机构
二、内廷机构
后三宫 （含慈宁宫、储秀宫等）皇帝及后妃生活区域
宦官机构
二十四衙门： 基本主体，服务皇帝生活起居（如司礼监、内务府等） 十二监
四司：惜薪司、钟鼓司、宝钞司、混堂司
八局：掌管宫廷内务、祭祀等杂项
皇族与侍卫 皇族成员（如皇子、公主）居住于后三宫，成年后才能朝见太后、妃嫔
侍卫分为内廷侍卫（如御前侍卫）和殿廷侍卫（如领侍卫内大臣）
三、其他重要机构
东厂/西厂：
明代特务机构，直属皇帝，负责监察百官
锦衣卫：明代军事警察与情报机构，后权力扩大
国子监：教育机构，培养皇族子弟
四、特殊区域
御花园：皇家园林，供皇帝休闲娱乐
乾清宫遗址：现存最完整的清代帝王寝宫
以上分类综合了不同时期的机构设置，部分名称如“三大殿”“后三宫”具有长期稳定性，而部分机构（如军机处）则是特定历史时期的产物。