瑶族神祇体系融合了自然崇拜、祖先信仰与道教元素，主要可分为以下几类：
一、自然神与图腾神
盘瓠（盘王/盘护/盘古） 神话中龙犬化身，象征祖先与图腾，主宰繁衍与护佑，被视作瑶族十二姓的祖先。
雷神、水神、种子神
与四大神仙体系相关，分别掌管自然现象与生命轮回。
山神、树神、风神、雨神
体现对自然元素的崇拜，常见于祭祀与日常信仰中。
二、祖先神与历史人物神
盘瓠、伏羲兄妹神、社王神、神农神
共同祖先及历史人物崇拜，盘瓠尤其重要，与迁徙传说紧密关联。
师公与道公
道教系统神职人员，分别尊奉“三元”（道公）与“三清”（师公），经书包含道教诸神。
三、道教体系神祇
三清（元始天尊、灵宝天尊、道德天尊）
道教最高神，道公经典《度戒科》中核心崇拜对象。
玉皇上帝、四帅、城隍、土地神
覆盖天、地、水府的神祇体系，广泛用于民间祭祀。
三元真君、四象星君
代表不同方位与职能的神祇，常见于道教法会与信仰实践中。
四、其他特殊神祇
密洛陀： 部分文献称其为人类母神，创造宇宙与人类，与盘瓠分属不同神话体系。 蛇神
五、神话传说中的创世神
布洛陀（壮族）：虽属其他民族（壮族）创世神，但部分研究提及与瑶族文化交融。
注：瑶族信仰具有地域差异，如盘瓠崇拜在南方瑶族更突出，而道教神祇的融入则使信仰体系更加多元化。