根据历史记载，董卓在掌权期间杀害了以下将军：
丁原
丁原是东汉末年著名官吏，曾担任并州刺史，因谋划诛杀十常侍被宦官何进杀害。董卓进京后，诱使吕布杀害丁原。
张温
张温曾任司隶校尉、太尉，因与董卓矛盾被诬陷私通，于191年被董卓拷打致死。
徐荣
徐荣是东汉末年名将，曾大破孙坚于梁东之战，后随王允讨伐李傕、郭汜时战死。
胡轸
胡轸与吕布不和，191年率兵攻打孙坚时败走。董卓死后，胡轸率众投降李傕。
牛辅
牛辅是董卓女婿，曾任中郎将。董卓被杀后，他率军攻入长安，后因部将叛变被亲信胡赤儿杀害。
李傕
李傕是董卓集团核心将领，后因权力斗争与郭汜内讧，最终被张横、梁兴击败斩杀，并被曹操夷灭三族。
郭汜
郭汜与李傕争权失败后，于197年被部将伍习诛杀。
补充说明
董卓的残暴手段（如活煮俘虏）导致其部下多心怀不满，间接促成了其集团的内乱和灭亡。- 以上信息综合自《三国志》《后汉书》等正史记载，可信度较高。