很抱歉，目前关于涟水古代寺庙名称的资料存在信息矛盾，且可查信息中并未明确列出所有寺庙名称。根据现有资料，能仁寺是明确提及的古代寺庙名称，其名称变更历程如下：
文殊院：
寺庙最初名为文殊院，后改为承天寺。
承天寺：
宋仁宗时更名为承天寺。
能仁教寺：
宋仁宗天圣元年（1023年）赐名能仁教寺，简称能仁寺，此名沿用至今。
关于其他寺庙名称，现有资料中提到的妙通塔是能仁寺内的标志性建筑，但未提及其他独立寺庙的名称。此外，龙兴寺、卧佛寺等寺庙在现有资料中仅提及位置或部分历史，未明确其古代名称。
综上，可确认的古代寺庙名称为 能仁寺（含文殊院、承天寺两个阶段），其他寺庙名称需进一步考证。